Ваня Знаменский родился 8 марта 1868 года в селе Владыкино Санкт-Петербургского уезда Санкт-Петербургской губернии в семье священника Василия Знаменского. В 1882 году он окончил Белозерское духовное училище Новгородской епархии и в 1887 году был определен псаломщиком к Троицкой церкви в селе Варнакушки той же епархии. В 1898 году Иван Васильевич переехал в Туркестанскую епархию и был назначен в Покровский храм в селе Покровка Пржевальского уезда. В 1902 году он был переведен в Георгиевский храм в село Токмак Пишпекского уезда.
В 1903 году Иван Васильевич был рукоположен во священника храма в селе Георгиевка Пишпекского уезда и назначен законоучителем церковноприходской школы. Через год отец Иоанн был переведен в храм Михаила Архангела в станицу Голубевскую Джаркентского уезда и назначен законоучителем в церковноприходской школе станицы.
Священник Иоанн Знаменский был расстрелян безбожниками-большевиками в 1923 году в городе Талды-Кургане
(ныне город Талдыкорган Алматинской области, Казахстан) и погребен в безвестной могиле.
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода от 17 июля 2001 года для общецерковного почитания.
Дни памяти: 8 (21) марта
Храмы: Троицкий храм, с. Варнакушки Новгородской епархии