Иван родился в 1862 году в Костромской губернии, в семье диакона. В 1880 году окончил Костромскую духовную семинарию, а в 1884 году Санкт-Петербургскую духовную академию — кандидатом богословия и магистрантом.
В 1884 году был назначен помощником смотрителя Солигаличского духовного училища. В 1897 году стал смотрителем того же училища и в разные годы преподавал там пение, церковную и гражданскую историю, географию и греческий язык. Относился к своим обязанностям с усердием и глубокой ответственностью; составил книгу «Правила поведения учеников Солигаличского духовного училища» (изд. в 1915). Был произведен в статские советники. Награждался орденами св. Анны 3-й степени и св. Станислава 3-й степени.
Участвовал в крестном ходе, организованном в Солигаличе 11(24) февраля 1918 года в знак протеста против издания декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». За участие в выступлении против разграбления Богородице-Феодоровского монастыря был арестован вместе с большой группой горожан прибывшим в начале марта в Солигалич карательным отрядом.
По приговору Солигаличского трибунала на территории Никольского тюремного храма вместе с 20 арестованными, в том числе священномучениками протоиереем Иосифом Смирновым, священником Владимиром Ильинским и диаконом Иоанном Касторским, был расстрелян 7 марта 1918 года. Похоронен в братской могиле у стен Петропавловского храма Солигалича.
12 апреля 1918 года управляющий Костромской епархией архиепископ Евдоким (Мещерский) доложил Священному Синоду и Поместному Собору об обстоятельствах гибели священнослужителей и мирян Солигалича. На заупокойной литургии, совершенной патриархом святителем Тихоном в храме Московской духовной семинарии 31 марта того же года (1-я служба, посвященная Российским новомученикам), были помянуты солигаличские новомученики, в том числе и Иоанн Перебаскин.
27 марта 2000 года он был канонизирован как местночтимый святой Костромской епархии, а к общецерковному почитанию прославлен Архиерейским юбилейным Собором того же года.
Житие новомучеников Солигаличских читать подробно.
Дни памяти: 22 февраля (7 марта); Собор Костромских святых — 23 января (5 февраля)
Храмы: Храм СПбДА;