Родился 27 мая 1865 года в Царском Селе в семье известного русского врача Сергея Боткина, лейб-медика императоров Александра II и Александра III, и Анастасии Александровны Крыловой. Принадлежал к старообрядцам-поповцам белокриницкого согласия.
Получил домашнее образование и в 1878 году был принят сразу в пятый класс 2-й Петербургской классической гимназии. После окончания гимназии в 1882 года поступил на физико-математический факультет Петербургского университета, однако, сдав экзамены за первый курс университета, ушёл на младшее отделение открывшегося приготовительного курса Военно-медицинской академии.
В 1889 году окончил академию третьим в выпуске, удостоившись звания лекаря с отличием.
С января 1890 года работал врачом-ассистентом в Мариинской больнице для бедных. В декабре 1890 года на собственные средства командирован за границу для научных целей. Занимался у ведущих европейских учёных, знакомился с устройством берлинских больниц.
По окончании командировки в мае 1892 года Евгений Сергеевич стал врачом придворной капеллы, а с января 1894 года вернулся в Мариинскую больницу сверхштатным ординатором.
8 мая 1893 году защитил в академии диссертацию на соискание степени доктора медицины «К вопросу о влиянии альбумоз и пептонов на некоторые функции животного организма», посвящённую отцу. Официальным оппонентом на защите был И. П. Павлов.
Весной 1895 г. был командирован за границу и два года провёл в медицинских учреждениях Гейдельберга и Берлина, где слушал лекции и занимался практикой у ведущих немецких врачей — профессоров Г. Мунка, Б. Френкеля, П. Эрнста и других. В мае 1897 г. избирается приват-доцентом Военно-медицинской академии.
В 1904 году с началом Русско-японской войны убыл в действующую армию добровольцем и был назначен заведующим медицинской частью Российского общества Красного Креста (РОКК) в Маньчжурской армии.
Осенью 1905 г. возвратился в Петербург и приступил к преподавательской работе в академии. С 1905 года — почётный лейб-медик. В 1907 году назначен главным врачом общины святого Георгия.
По просьбе императрицы Александры Фёдоровны был приглашён как врач в царскую семью и в апреле 1908 г. назначен лейб-медиком императора Николая II. Пробыл в этой должности до своей гибели.
Являлся совещательным членом Военно-санитарного Учёного комитета при Императорской Главной квартире, членом Главного управления Российского общества Красного Креста. С 1910 года — действительный статский советник.
За несколько лет до своей кончины получил титул потомственного дворянина. Для своего герба он выбрал девиз: «Верою, верностью, трудом».
После падения монархии 2 марта 1917 года остался вместе с царской семьёй в Царском Селе, а затем последовал за ней в ссылку. В Тобольске открыл бесплатную медицинскую практику для местных жителей. В апреле 1918 года вместе с царской четой и их дочерью Марией был перевезён из Тобольска в Екатеринбург. Мог не ехать, но вызвался сам.
Был убит вместе со всей императорской семьёй в ночь на 17 июля 1918 года в Екатеринбурге в Ипатьевском доме. По воспоминаниям организатора убийства царской семьи Я. М. Юровского, Боткин умер не сразу — его пришлось «пристреливать».
Почитание
На Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви Заграницей 1 ноября 1981 года был прославлен вместе с другими расстрелянными в доме Ипатьева — царственными мучениками Романовыми и их слугами.
22 января 1996 года в докладе о работе Комиссии Священного Синода Русской Православной Церкви по канонизации святых, возглавляемой митрополитом Ювеналием (Поярковым), был затронут вопрос о прославлении в лике святых пострадавших вместе с царской семьёй слуг:
«В настоящее время Комиссии не представляется возможным окончательное разрешение вопроса о наличии оснований для канонизации этой группы мирян, по долгу своей придворной службы сопровождавших Царскую Семью в период её заточения и принявших насильственную смерть. Комиссия не располагает сведениями о широком поименном молитвенном поминовении этих мирян, а также о связанных с ними чудотворениях. Кроме того, сейчас отсутствуют сколько-нибудь существенные сведения о религиозной жизни и личном благочестии всех этих мирян, за исключением некоторых отрывочных свидетельств о духовной жизни Е.С. Боткина, в то время как двое из них — римо-католик А. Е. Трупп и лютеранка Е. А. Шнейдер не являлись мирянами православного исповедания. Комиссия пришла к заключению, что наиболее подобающей формой почитания христианского подвига верных слуг Царской Семьи, разделивших её трагическую участь, на сегодняшний день может быть увековечение этого подвига в житии Царственных мучеников» [3].
Одной из причин столь осторожного отношения было неправославное исповедание некоторых из них; однако о старообрядчестве Е. С. Боткина в докладе упомянуто не было. Мотивом канонизации инославных лиц в РПЦЗ стали прецеденты прославления Церковью жертв гонений на христиан не принявших крещения — например, язычников, присоединявшихся к христианам во время казни [1].
16 октября 2009 года Генеральная прокуратура Российской Федерации приняла решение о реабилитации 52 приближённых царской семьи, подвергшихся репрессиям, в том числе Е. С. Боткина.
Участники V Всероссийского съезда православных врачей, прошедшего в Санкт-Петербурге 1-3 октября 2015 года, ходатайствовали о канонизации врача Евгения Боткина. Его жизненный и врачебный путь «стал для современных медиков образцом верности данному слову, врачебному долгу и своим пациентам» [4].
7 октября того года на очередном заседании рабочей группы по согласованию месяцесловов Московского Патриархата и Русской Зарубежной Церкви, проходившем под председательством предстоятеля Русской Православной Церкви и при участии первоиерарха Русской Зарубежной Церкви «отметили результаты изучения подвига лиц, почитаемых в русском зарубежье. Была признана возможность общецерковного прославления следующих святых, ранее канонизированных Русской Зарубежной Церковью: ‹…› страстотерпца праведного Евгения врача (Боткина), принявшего страдания вместе с царской семьей в Ипатьевском доме (+1918, память 4 / 17 июля)» [5].
Стртп. прав. Евгений врач (Боткин). Икона
Стртп. прав. Евгений врач (Боткин). Икона
С учётом вышеизложенного мнения рабочей группы, 3 февраля 2016 года Архиерейским Собором Русской Православной Церкви было принято решение о благословении общецерковного почитания «страстотерпца праведного Евгения врача» [5]. Комментируя это решение, глава синодального Отдела внешних церковных связей митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев) сказал: «Я думаю, это давно желанное решение, потому что это один из святых, который почитается не только в Русской Зарубежной Церкви, но и во многих епархиях Русской Православной Церкви, в том числе в медицинском сообществе» [6].
Награды
«За отличия, оказанные в делах против японцев» был награждён офицерскими боевыми орденами — Святого Владимира III и II степени с мечами, Св. Анны II степени, Св. Станислава III степени, сербским орденом Св. Саввы II степени и болгарским «За гражданские заслуги».